Dans ce qui suit, je fournis une liste d'endroits à visiter à Tokyo. C'est une vision très personnelle de la capitale du Japon, pas très exhaustive, mais qui regroupe les principales visites à effectuer si l'on ne dispose pas de beaucoup de temps.
Il y a deux lignes de métro qu'il faudra vite aprendre à connaître : la ligne "Ginza" (souterrain), et la ligne JR "Yamanote" (aérien, équivalent du RER parisien, et qui fait tout le tour de Tokyo). Le principe de la visite consiste à se rendre dans une station et de visiter les alentours. Je pense que l'on peut faire un tour des différents endroits en une semaine.

Shinjuku est une station sur la Yamanote. Il faut y passer une journée entière.
Il y a coté ouest de la gare (attention à ne pas s'y perdre), le coin "business", qui ressemble à la Défense à Paris : rien que des tours. Il faut aller voir la Mairie (City Hall), car on peut monter au dernier étage, et avoir une vue splendide sur Tokyo. Avec un peu de chance, on peut même voir le Mont Fuji ("Fuji-San", et non "Fuji-Yama"). Attention ! C'est fermé le lundi.
Si vous avez un peu de nostalgie, il y a un petit coin de France dans une librairie exclusivement française (Tosho), au quatrième étage d'un immeuble situé au 1-12-9 Nishi Shinjuku (nishi=ouest). Pour le retrouver c'est facile : il faut prendre une rue qui part de la poste centrale.
Coté est, c'est le coin "people", avec le fameux quartier "Kabuki-cho". C'est un endroit cho, qui ressemble un peu à Pigalle. Il faut le voir plutôt en soirée, quand toutes les lumières s'allument. Cela devient féérique.
La librairie Kinokuniya a ouvert une gigantesque annexe située plus au sud de Shinjuku (plus près de Yoyogi, la station qui suit sur la Yamanote-sen). Beaucoup de livres étrangers se trouvent au sixième étage.
Il y a aussi un très joli parc à visiter, où les jardins ont été dessiné par un Français.
Enfin, je vous recommande un excellent restaurant de "tempura" situé au 3-31-8 Shinjuku, et qui s'appelle "Tsunahachi". Prendre le menu (setto).

Ikebukuro (ike=lac, bukuro=sac) se trouve sur la Yamanote. Il y a beaucoup de choses à voir à partir de la station. Il vaut mieux y passer une journée.
D'abord, la tour "Sunshine 60", avec son ascenseur (un des plus rapides dit-on). Au sommet, une vue superbe sur tout Tokyo (ce coin se trouve au nord ouest). Il y a même une terrasse, mais elle ne fait pas le tour.
A la base de la tour, il y a un centre commercial, où l'on trouve essentiellement des magasins de mode. Mais il faut aller dans les rues piétonnes qui se trouvent entre la gare et la tour. C'est là que les choses intéressantes sont à voir.
Enfin, il faut passer par l'énorme magasin Seibu et son voisin Parco. D'ailleurs, si vous passez par un "grand" magasin, il faut procéder toujours de la même façon : visiter le sous sol (B1). On y trouve de très bonnes choses à manger : des produits japonais, mais aussi quelques bons produits de chez nous (il y a souvent un "Fauchon"). Ce coin me fait penser à Montparnasse, à Paris.
En prenant un taxi, allez donc voir la cathédrale Sainte Marie de Tokyo (3-16-5 Sekiguchi, Bunkyo-ku). Elle est superbe, même si elle est tout en acier à l'extérieur et en béton à l'intérieur.

Harajuku se trouve sur la Yamanote. On y reste moins d'une demie-journée.
Il faut visite le parc Yoyogi, où se trouve le très beau palais Meiji. Ensuite, il faut remonter l'avenue Omotesando. On dit que ce sont les Champs Elysées de Tokyo. Il faut y aller le dimanche, car cette avenue est fermée à la circulation.
Sur le côté droit se trouve le magasin Oriental Bazaar. C'est un magasin très sympa, mais où l'on ne trouve que des étrangers. On y achète les meilleurs souvenirs du Japon. Une fois je suis passé en taxi devant le magasin des tintinophiles, mais je suis incapable de le situer à nouveau.

Shibuya ("vallée") et aussi sur la ligne Yamanote. Le quartier se visite en moins d'une demie-journée aussi.
Attention à ne pas sortir de la gare par la mauvaise sortie : vous manqueriez la place au pied d'un écran géant où se trouve la statue d'un chien associé à une légende célèbre au Japon.
Pour moi, ce quartier symbolise à lui tout seul l'expansion économique fulgurante du Japon : des autoroutes aériennes qui s'enchevêtrent par manque de place avec des voies de chemin de fer aériens, qui rentrent à leur tour dans les magasins, lesquels "possèdent" les gares ferroviaires...
A propos de magasins, si vous avez une petite faim, on peut toujours y manger au dernier étage, celui des restaurants. Attention aux heures de service.
Shibuya est le terminus de la ligne Ginza. Vous pourrez prendre cette correspondance pour aller à Ginza, Ueno (située aussi sur la Yamanote, mais de l'autre coté) et Asakusa.

Ebisu est sur la Yamanote. On peut y rester quelques heures.
Là, c'est un peu compliqué : il faut se débrouiller pour prendre une série de tapis roulants (en principe le point de départ se situe au même niveau que la gare). Ces tapis roulants vous emmènent au Ebisu Garden Place, ou vous pourrez voir la réplique d'un chateau français (à moins que ce ne soit l'original) juste à coté d'un gigantesque immeuble moderne (futuriste même) en verre et en acier. La dernière fois que j'y étais il y avait des statues sympas exposées sur le parvis. Bref, c'est juste pour le coup d'oeil.
Si vous êtes amateur, sous le chateau se trouve une cave de bons vins français (mais chers, très chers).
Ebisu est le terminus de la ligne Hibiya. La station suivante est Hiro-o, celle de l'ambassade de France. Celle d'après s'appelle Roppongi (six arbres), du nom du quartier le plus branché de Tokyo. Je crois qu'il y a une nouvelle ligne de métro qui passe par là à présent.
Il faut jeter un coup de d'oeil aux quartiers mitoyens Akasaka et Aoyama : il y a des parcs, et quelques batiments "historiques".

Shimbashi et Hamamatsucho se succèdent sur la Yamanote. Ces endroits se visitent en un plus d'une demie-journée.
Il faut absolument voir le marché aux poissons "Tsukiji Market". Mais il faut se lever aux aurores. Passées les neuf heures du matin, c'est terminé. Toute l'activité intéressante commence à cinq heures du matin. Là, il vaut mieux avoir un camescope avec soi, car cela tient du documentaire !
A Hamamatsucho, il faut monter au "World Trade Center" : c'est le meilleur endroit pour voir la fameuse tour de Tokyo (Tour Eiffel locale) juste en face, et le pont "arc en ciel" qui traverse la baie de Tokyo. La visibilité à longue distance n'est pas aussi bonne qu'à Shinjuku ou à Ikebukuro, en raison sans doute de la pollution. Mais si vous voulez avoir une vision de l'urbanisme à la japonaise, c'est de là qu'il faut contempler la capitale.
A partir de la Halle aux poissons, on pourra marcher vers le temple Hongan-ji, puis vers l'avenue Harumi-dori qui mène à Ginza.

Ginza est sur la ligne du même nom. Ce coin est à ne pas manquer. On peut y passer une journée entière.
A voir : le Sony building, au pied duquel se trouve un superbe aquarium de poissons d'Okinawa (devant l'immeuble). On peut visiter le showroom aux étages : une expo permanente des dernières nouveautés de la "HiTech". J'y ai vu leurs derniers ordinateurs ultra-plats, des lunettes télévision, des walkman DVD, etc.
Le quartier Ginza est un peu le boulevard Haussman à Paris, avec les grands magasins. A partir de là, on peut marcher vers le centre où se trouve le Palais Impérial.
Il faut voir Hibiya, Marunouchi, et Nihonbashi (pont du Japon) qui fut le kilomètre zéro à partir duquel on mesurait les distances. Le pont, seule relique de pierre dans cet univers de béton, est surmonté par une autoroute aérienne qui suit le fleuve, qu'enjambe lui-même le pont en question... Bref, les ponts aussi s'enchevêtrent.

Ueno se trouve à la fois sur la ligne Ginza et Yamanote. Le parc Ueno est très sympa. On peut y passer une demie-journée.
On y trouve des musées et des temples. C'est là aussi que l'on peut voir des cerisier (sakura) en fleur à la mi-avril. L'événement, attendu par tout les japonais, s'appelle le 'hana-mi' (littéralement : voir les fleurs). Faites un tour au temple Benzaiten, situé au milieu d'un lac recouvert de nénuphars.
Entre la station Ueno et la station Okachimachi se trouve un marché aux puces "Ameyoko", où vous pourrez trainer. C'est rigolo : il y a plein de surplus de toutes les armées du monde. Mais il n'y a pas que ça.

Asakusa est l'autre terminus de la ligne Ginza. On y traine une demie-journée. C'est peut être l'endroit qui m'a le plus plu à Tokyo, sans que je sache dire pourquoi.
Il y a une allée marchande (Nakamie Dori), bordée de boutiques pittoresques, qui mène à un très joli temple (sans doute le plus beau de la ville). Cette allée est encadrée à chacune de ses extrêmités par des portes (mon) d'où pendent un gigantesque lampion rouge.
J'ai très bien mangé dans un des multiples restaurants de la zone. Il y a souvent des parades carnavalesques en août.

Akihabara est sur la Yamanote. En marchant un peu, on trouve une correspondance avec la ligne Ginza.
A Tokyo, tout est organisé par quartiers. Celui-ci est le paradis de l'électronique, des dernières nouveautés, des gadgets en tout genre qui font du bruit et de la lumière...
Penser à se munir de son Passeport si l'on souhaite bénéficier d'une détaxe. Cet endroit est conseillé pour les dernières achats avant le départ.